高铁香港段开通运营后，可直达的44个内地站点包括广深港专线上的福田、深圳北、光明城、虎门、庆盛和广州南6个短途站点，以及沿京广线、杭福深线、沪昆线和贵广线，包括北京、上海、昆明、桂林、贵阳、石家庄、郑州、武汉、长沙、杭州、南昌、福州、厦门和汕头等38个长途站点。
第一班车将于早上七点由香港西九龙站发出，到达深圳北，票价为86元港币。高铁香港段在开通初期，高峰期每日开行114对短途列车，平日和周末则分别每日开行70对和82对列车。列车班次可根据乘客量作适当调整。至于直达长途列车，每日均开行13对。
据港铁介绍，近期高铁香港段列车试运行情况显示，从西九龙到深圳福田站需约14分钟，到广州需约47分钟，到北京需约9小时。
票价方面，蔡杰铭介绍说，西九龙站至各短途站点的车票可以港元发售，每月根据上月人民币兑港币汇率调整，二等座票价在68元人民币或78港元（福田站）至215元人民币或247港元（广州南站）之间。
西九龙站至各长途站点的票价则参考内地高铁票价，把这些站点到广州南或深圳北的现有票价与由广州南或深圳北到西九龙站的票价相加。例如，西九龙至北京的二等座票价为1077元人民币或1239港元、至福州的二等座票价为349元人民币或401港元、至上海为1008元人民币或1159港元、至贵阳538元人民币或619港元。
港铁表示，日后高铁的票价会根据在非繁忙时段或非旅客高峰期的市场需求推出不同的推广及优惠票价，让更多乘客体验高铁服务。
乘客可在西九龙站购买内地段车票。港铁表示，将与中国铁路总公司继续研究其他渠道，让香港乘客可更方便和直接购买内地段车票。
特区政府预计，高铁香港段开通后每日客运量约8万人次，2025年增至9.5万人次。港铁表示，预计高铁乘客量将逐步增加，乘客将有更多选择，交通也将更为便利，从而促使跨境交通整体增长。